L'eroe del gioco Mad City Prison Escape I è stato incastrato dai complici ed è andato in prigione, ora non ha altra scelta che scappare per punire i colpevoli e riabilitare il suo nome. Non c'è nemmeno il tempo di stilare un piano dettagliato, dovrai agire in base alle circostanze. Quando il prigioniero è stato portato a fare una passeggiata, è riuscito a fuggire dalle guardie. Ma mentre è in prigione, devi trovare un'arma in modo da avere qualcosa con cui combattere i tuoi inseguitori in Mad City Prison Escape I.