Nel gioco Blob Merge 3D condurrai esperimenti e creerai nuovi tipi di gocce. Davanti a te sullo schermo vedrai un campo da gioco nella parte superiore del quale appariranno gocce di vari colori. Puoi spostarti dall'altra parte del campo a destra o a sinistra per far cadere queste gocce nella parte inferiore del campo di gioco. Dovrai colpire le gocce dello stesso colore l'una nell'altra. In questo modo puoi forzare queste gocce a connettersi. Per aver ricevuto un nuovo oggetto ti verranno assegnati punti nel gioco Blob Merge 3D.