Puzzle 2048 cambierà molto nel 2048 Run 3D. Invece delle tessere, controllerai una palla con valori numerici disegnati su di essa. Cambierà colore e valore nel processo di movimento, e per questo deve scontrarsi con palline dello stesso colore e numero. Il compito è arrivare al traguardo con la palla con il numero massimo dalla sua parte.